Moleküler Genetik

1953 yılında Watson ve Crick tarafından DNA molekülünün çifte sarmal yapısının keşfedilmesinden sonra, özellikle genetik mekanizmanın moleküler düzeyde işleyişini ortaya çıkartmak amacıyla, bu konudaki araştırmalar hızla çoğalmış ve bu çalışmalar sonucunda genetik şifrenin sırları yavaş yavaş çözülmeye başlamıştır. Örneğin, Üç RNA çeşitinin (mRNA, rRNA ve tRNA) ortaya çıkartılması (RNA çeşiti sayısı son zamanlarda 9’a çıkmıştır), genetik şifredeki mesajın mRNA ile ribozomlara taşındığının, mRNA’daki her üçlü baz grubunun (kodon) bir aminoasidi şifrelediğinin, hangi kodonun hangi aminoasit anlamına geldiğinin bulunması, genlerin fenotipteki etkilerini genetik şifreye göre spesifik bir protein molekülünün sentezlenmesi yoluyla gösterdiğinin saptanması, hep moleküler seviyedeki çalışmalar sonucunda gerçekleşmiştir.

Bilim insanları bununla  yetinmeyip çeşitli  organizmalarda ve özellikle insanda da genlerin yerlerini belirleyerek bu genlerin baz sıralarını dahi saptamışlardır. Bu hızlı çalışmaların sonucunda bugün genetik bilimi, bazı organizmaların genomundan genleri kesip çıkartarak başka bir organizmanın genomuna dahil edecek seviyeye ulaşmıştır.

İşte moleküler seviyedeki bu çalışmalar genetik bilim dalında bir alt bilim dalının doğmasına, yani Moleküler Genetiğin doğmasına sebep olmuştur. Kısaca Moleküler Genetiği, kalıtsal olayların moleküler düzeyde nedenlerini araştıran bir bilim dalı olarak tanımlayabiliriz. İnsanda kalıtsal hastalıkların sebeplerini ortaya koyup tedavisinin yapılması, bakterilerde antibiyotiklere dirençliliğin kısa zamanda gelişmesinin sebepleri, virüslerin sebep olduğu hastalıkların moleküler düzeyde anlaşılması ve buna göre tedavisinin yapılması, kanserin oluşmasının sebebi ve tedavisi, tarımda verimi yüksek ve kaliteli ürün veren bitki ve hayvanların başka organizmalardan gen transferi yoluyla elde edilmeye başlanması (GDO= Genetiği değiştirilmiş organizma) hep bu moleküler seviyedeki çalışmalar sonucu ortaya çıkartılmış ve çıkartılacaktır. Son otuz yılımızın hastalığı olan AIDS’in tedaviside bu tip çalışmalar sonucunda gerçekleşeceği muhakkaktır.

Moleküler genetik çalışmalar gen mühendisliği denilen yeni bir bilim dalının doğmasına da sebep olmuştur. 1970’li yıllarda Arber, Nathans ve Smith restriksiyon endonukleaz enzimlerini bulup rekombinant DNA teknolojisini geliştirerek gen mühendisliğinin yolunu açmışlardır (Araştırıcılar bu buluşlarıyla 1978 yılında Tıp ve Fizyoloji alanında Nobel ödülü almışlardır). Bu alandaki hızlı ilerlemeler yüzyılımızda bugün imkansız gibi görünen birçok gizleri aydınlığa kavuşturacak ve ümit ederim ki bu gelişmelerde insanlığa olumlu yönde hizmet edecektir.

1. BÖLÜM

MOLEKÜLER GENETİĞİN TARİHÇESİ

2. BÖLÜM

NUKLEİK ASİTLER

2.1 NUKLEİK ASİTLERİN KEŞFİ

3. BÖLÜM

DE(Z)OKSİRİBONUKLEİK ASİT (DNA)

3.1 DNA’NIN YAPISI

3.2 DNA MOLEKÜLÜNDEKİ BAZLARIN ORANI, DNA’NIN SPESİFİKLİĞİ VE GENETİK ŞİFRENİN YAZILMASI

3.3 DNA ÇİFTE SARMALIN YAPISI

3.4 DNA FORMLARI

3.5 DNA MOLEKÜLÜNÜN ‘’B’’ FORMUNUN YAPISININ TEMEL ÖZELLİKLERİ

3.6 DNA’NIN   DENATURASYONU  VE  RENATURASYONU

3.6.1 Denatürasyon  ve  Renatürasyondan  Pratikte Yararlanılması

3.7 DNA ÜZERİNDEKİ GENLERİN SAYISI, DNA UZUNLUĞU VE NUKLEOTİD SAYISI

3.8 CANLI SİSTEMLERDE BULUNAN GENETİK MATERYAL ÇEŞİTLERİ

3.8.1. Viroid’de Bulunan Kalıtsal Madde Tipi

3.8.2. Virüslerde Bulunan Kalıtsal Madde Tipleri

3.8.2.1 DNA Virüsleri

3.8.2.2 RNA Virüsleri

3.8.3 Prokaryotlarda Bulunan Kalıtsal Madde Tipleri

3.8.4 Eukaryotik  Organizmalarda  Bulunan  Kalıtsal  Madde Tipleri

3.8.4.1 Nukleus’da Bulunan Kalıtsal Madde Tipi

3.8.4.1.1 Eukaryotlarda Kromozomun Moleküler Organizasyonu

3.8.4.1.1.1 Histonlar

3.8.4.1.1.2 Nukleozom

3.8.4.1.1.3 Ultrastrüktür Yapı (Üst organize olmuş yapı)

3.8.4.1.1.4 Non-histon Proteinler

3.8.4.2 EukaryotikHücrelerdeEkstrakromozomal DNA’ lar

3.8.4.2.1 Mitokondrial DNA (mt DNA)

3.8.4.2.2 Kloroplast DNA (ctDNA yahut plastid DNA’sı = ptDNA)’sı

3.9 GENOMLARIN MOLEKÜL BÜYÜKLÜKLERİ43

3.10 GENOMLARININ SIRA DURUMU YÖNÜNDEN PROKARYOT VE EUKARYOTLARIN KARŞILAŞTIRILMASI

4. BÖLÜM

DNA REPLİKASYONU

4.1 SEMİKONSERVATİF REPLİKASYONUN BELİRLENMESİ

4.2 KOPYE MEKANİZMASININ SIHHATLİLİĞİ

4.3 DNA REPLİKASYONUNDA ROL OYNAYAN ENZİMLER

4.3.1 DNA Polimerazlar (Sistematik adı: Deoksinukleosidtrifosfat-DNA deoksinukleotidil transferaz)

4.3.1.1 Bakterilerdeki DNA Polimerazlar (E.coli’de)

4.3.1.2 Eukaryotik DNA polimerazlar

4.3.2 DNA Ligaz

4.3.3 Primaz

4.3.4 Dna B ve Dna C proteinlerinin rolleri: Primozom

4.3.5 Topoizomerazlar yahut Gyrazlar

4.3.6 Helikazlar

4.3.7 DNA’yı Parçalayan Enzimler

4.3.7.1 Endonukleazlar

4.3.7.1.1 Restriksiyon Endonukleazlar (RE)

4.3.7.2 Ekzonukleazlar

4.4 DNA REPLİKASYONUNUN OLUŞ MEKANİZMASI

4.4.1 Replikasyonun Moleküler Mekanizması ve Replikasyon Çatalı

4.4.2 E.coli’nin Replikasyon Aygıtının Komponentleri

4.5 REPLİKASYON TİPLERİ

4.5.1 Bakterilerdeki replikasyon tipi (Cairns yahut Theta tipi)

4.5.2 Eukaryotlardaki Replikasyon Tipi

4.5.2.1 Replikasyon Derecesinin Değişmesi

4.5.2.2 Telomer ve Telomeraz: Eukaryotlarda Kromozom Uçlarının Replikasyonu

4.5.3 Virüslerdeki Replikasyon Tipleri

4.5.3.1 M13 Fajında Replikasyon

4.5.3.2 ΦX174 Fajında Replikasyon (Döner halka yahut sigma tipi replikasyon)

4.5.3.3 Ilımlı Fajlarda Replikasyon

4.5.3.4 RNA Virüslerinde Replikasyon

4.5.3.5 Retrovirüslerde  Replikasyon

4.5.4 Mitokondri DNA  (mtDNA)’sının Replikasyonu

5. BÖLÜM

RİBONUKLEİK ASİT (RNA)

5.1 RNA MOLEKÜLÜNÜN YAPISI VE RNA ÇEŞİTLERİ

5.1.1 RNA Molekülünün Yapısı

5.1.2 RNA Çeşitleri

5.1.2.1 Protein Sentezinde Görev Yapan RNA’lar

5.1.2.1.1 Taşıyıcı (transfer) RNA (tRNA veya sRNA)

5.1.2.1.2 Ribozomal RNA (rRNA)

5.1.2.1.3 Messenger (haberci, elçi) RNA (mRNA)

5.1.2.2 Protein Sentezinin Dışında Görev   Yapan  RNA’lar

5.1.2.2.1 Küçük interferenz (müdahaleci) RNA

(small interferens RNA = siRNA veya RNAi = RNA interferenz)

5.1.2.2.2 Mikro RNA’lar (miRNA)

5.1.2.2.3 Küçük nukleolar RNA’lar (snoRNA)

5.1.2.2.4 Sinyali tanıyan protein (signal recognition protein) RNA’sı (SRP RNA’sı)

5.1.2.2.5 Küçük nuklear RNA (small nuclear RNA = snRNA)

5.1.2.2.6 CrRNA (CRISPR  RNA = Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats =Düzenli aralıklarla

ayrılmış palindromik tekrarlı sıralar topluluğu NA’sı)

5.2 GEN ANLATIMI (EKSPRESYONU) VE TRANSKRİPSİYON (KOPYALAMA, GENİN KOPYASININ ÇIKARTILMASI)

5.2.1 Gen Anlatımı (Ekspresyonu)

5.2.2 Transkripsiyon

5.2.2.1 Bakterial RNA Polimerazlar

5.2.2.2 Eukaryotik RNA Polimerazlar

5.2.2.3 DNA’ nın Anlamlı İpliği ve Prokaryotlarda Transkripsiyon

5.2.2.3.1 Promoter (Destekleyici)

5.2.2.3.2 Transkripsiyonun Sona Ermesi

5.2.2.4 Eukaryotlarda Transkripsiyon

5.3  mRNA’NIN ÖMRÜ

5.4 PRİMER TRANSKRİPSİYON ÜRÜNÜ RNA’LARIN (PreRNA’ların) MODİFİKASYONU (İşlenmesi, Olgunlaşması, Değişikliği)

5.4.1 premRNA’ nın Modifikasyonu

5.4.1.1 Prokaryotlardaki Durum

5.4.1.2 Eukaryotlardaki Durum

5.4.2 PretRNA (yahut presRNA  ‘’solubl RNA’’ )’nın Modifikasyonu

5.4.2.1 Prokaryotlarda  pretRNA’nın Olgunlaşması

5.4.2.2 Eukaryotlarda pretRNA’nın Olgunlaşması

5.4.2.3 tRNA Molekülünün Primer Yapısı

5.4.2.4 tRNA Molekülünün Sekonder Yapısı = Yonca yaprağı şekli

5. 4. 3 PrerRNA’ın Modifikasyonu

5.4 3.1 Prokaryotlardaki Durum

5.4.3.2 Eukaryotlardaki Durum

5.4.3.2.1 rRNA genlerinin yeri ve sayısı

5.4.3.2.2 EukaryotlardakibüyükrRNA’ların transkripsiyonu ve olgunlaşması

5.4.3.2.3 5S’lik rRNA’nın transkripsiyonu ve modifikasyonu

5.4.4 rRNA ile Nukleolusun İlişkisi

6. BÖLÜM

GENETİK SÖZLÜK

6.1 GENETİK KODUN AÇIKLANMASI

6.1.1 Genetik Kodun Açıklanması ile İlgili Temel Deneyler

6.1.1.1 Suni Tripletler İle Yapılan Çalışmalar

6.1.1.2 Suni mRNA ile Yapılan Deneyler

6.2 GENETİK KODUN ÜNİVERSALLİĞİ

6.3 GENETİK KODUN DEJENERASYONU (SİNONİM KODONLAR)

6.4 ANTİKODON VE KODONUN KARŞILIKLI ETKİLEŞİMİNDEWOBBLE (sallanma, titreme, kararsızlık ) DURUMU

6.5 BAŞLANGIÇ KODONU

6.6 GENETİK KODUN KULLANMA SIKLIĞI

7. BÖLÜM

PROTEİN SENTEZİ (TRANSLASYON=ÇEVİRİ, TERCÜME

7.1 PROTEİN SENTEZİNDE ROL OYNAYAN MOLEKÜLLER, GÖREVLERİ VE RİBOZOM

7.1.1 RNA  Moleküllerinin  Protein  Sentezindeki  Görevleri

7.1.1.1 Messenger RNA (m-RNA)’nın  Görevi

7.1.1.2 Ribozomal RNA (r-RNA)’nın  Görevi

7.1.1.3 Transfer  ( taşıyıcı)  RNA (t-RNA)’nın  Görevi

7.1.2 Adenozin  trifosfat (ATP)

7.1.3 Guanozin trifosfat (GTP)

7.1.4 Magnezyum (Mg++ )

7.1.5 Aminoasil tRNA Sentetaz (Amino  asil ligaz)

7.1.6 Protein sentezinin başlaması (inisiyasyon), devam etmesi (elongasyon)

ve bitmesinde (terminasyon) rol oynayan  protein  faktörler

7.1.7 Aminoasitler

7.1.8 Ribozom

7.1.8.1 Ribozomların Kimyasal Bileşimi

7.1.8.2 Ribozom Morfolojisi

7.1.9 Peptidil Transferaz  Enzimi

7.2 PROTEİN MOLEKÜLÜNÜN BİYOSENTEZİ

7.2.1 Prokaryotlarda Translasyon

7.2.1.1 İnisiasyon (Sentezin başlaması)

7.2.1.1.1 Bakterilerdeki İnisiatör tRNA

7.2.1.1.2 İnisiasyon Kompleksi

7.2.1.2 Elongasyon (Zincirin uzaması)

7.2.1.3 Protein Sentezinin Terminasyonu (Protein sentezinin sona ermesi)

7.2.2 Eukaryotlarda Translasyon

7.2.2.1 İnisiasyon (Sentezin başlaması)

7.2.2.1.1 EukaryotikHücrelerde BaşlatıcıtRNA (İnisiatör tRNA =tRNAi)

7.2.2.1.2 İnisiasyon Kompleksinin Oluşması

7.2.2.2 Elongasyon

7.2.2.3 Terminasyon

7.3 EUKARYOTİK HÜCREDE PROTEİN SENTEZİNİN HÜCRE İÇİ ORGANİZASYONU

7.4 PROTEİN SENTEZİ HAKKINDA GENEL AÇIKLAMALAR

7.5 POLİPEPTİD ZİNCİRİNDE POSTTRANSLASYONEL (TRANSLASYON SONRASI) DEĞİŞİKLİKLER

7.5.1 Proteinin Katlanması ve İşlenmesi

7.5.1.1 Şaperonlar ve Protein Katlanması

7.5.1.2 Enzimler ve Proteinlerin Katlanması

7. 6 SENTEZLENEN PROTEİNİN GÖREVİ

8. BÖLÜM

PROTEİN

8.1 PROTEİN MOLEKÜLÜ

8.2 PROTEİN MOLEKÜLÜ İÇERİSİNDE YER ALAN AMİNOASİTLER ARASINDA OLUŞAN BAĞLAR

8.2.1 Disulfit Bağları

8.2.2 Hidrojen Bağları

8.2.3 İyon Bağları

8.2.4 Apolar yahut Hidrofob Bağı

8.3 PROTEİN MOLEKÜLÜNÜN YAPISI

8.3.1 Primer Strüktür (Primer Yapı)

8.3.2 Sekonder Yapı:  a - Heliks ve Katlanmış Yaprak Yapısı

8.3.3 Tersier Yapı (Mekansal Asimetri)

8.3.4 Kuaterner Yapı

8.4 PROTEİNİN ELEKTRİK YÜKÜ

9. BÖLÜM

EUKARYOTLARDA HÜCRE İÇERİSİNDE MOLEKÜL TAŞINMASI

9.1 PROTEİNLERİN NÜKLEUSA VE NÜKLEUSDAN SİTOPLAZMAYA SEÇİLİ TAŞINIMI

9.2 NÜKLEUSA PROTEİN ALIMININ DÜZENLENMESİ

9.3 RNA’LARIN TAŞINMASI

10. BÖLÜM

MUTASYONLAR: OLUŞMASI, TAMİR EDİLMESİ VE BASTIRILMASI (SUPPRESSİON)

10.1 MUTASYON ÇEŞİTLERİ

10.1.1 Genom Mutasyonu

10.1.1.1 Euploidi

10.1.1.2 Aneuploidi

10.1.2 Kromozom  Mutasyonu (Kromozomlarda Yapı ve Şekil Değişmesi)

10.1.3  Gen Mutasyonları

10.1.3.1 Nokta Mutasyonu

10.1.3.1.1 Transisyon Tipi Nokta Mutasyonu

10.1.3.1.2 Transversiyon Tipi Nokta Mutasyonu

10.1.3.1.3 Protein Genindeki Nokta Mutasyonu Tipleri

10.1.3.2 Çerçeve Kayması Mutasyonu

10.1.4 Gen Mutasyonlarının Derecesi

10.1.5 Mutasyonun Fazla Olduğu Bölgeler  (Sıcak noktalar = Hot spots)

10.1.6 Mutasyonların Yönlendirilmesi

10.1.7 DNA Zararlarının Onarılması (DNA’nın tamiri) ve Gen Mutasyonlarının Baskılanması (Suppresyonu)

10.1.7.1 DNA Zararlarının Onarılması (DNA’nın tamiri)

10.1.7.1.1 UV Zararlarının Tamiri

10.1.7.1.2 Olağan Dışı Nukleotidlerin Yapıdan Çıkartılması Sayesinde DNA Zararlarının Onarılması

10.1.7.1.3 O6-Metilguanin-DNA Transferaz ile Tamir

10.1.7.2 Gen Mutasyonlarının Baskılanması (Suppresyonu)

10.1.7.2.1 Anlamsız Kodonların Baskılanması

10.1.7.2.2 Yanlış Anlamlı (Missense) Mutasyonların Baskılanması (Suppresyonu)

10.1.7.2.3 Çerçeve Kayması Mutasyonun (İng. Frame shift mutation; Alm. Leser aster mutation) Baskılanması (Suppresyonu)

10.1.8 Doğal ve Endüstriyel  Çevredeki  Mutajenlerin ve

Kanserojenlerin Kısa Süreli Testlerle Saptanması

11. BÖLÜM

GENOMDAKİ GENLERİN DÜZENLERİ VE GENLERİN DÜZENİNDEKİ DEĞİŞMELER

11.1 REKOMBİNASYON

11.1.1 Eukaryotlarda Rekombinasyon

11.1.1.1 Krossingover ile Rekombinasyon (İntrakromozomalRekombinasyon)

11.1.1.1.1 Kromozom Haritaları

11.1.1.1.2 Homolog Olmayan Kromozom Parçaları Arasında Krossingover

11.1.1.1.3 Eukaryotlarda Krossingoverin Moleküler Mekanizması

11.1.1.2 Metafaz 1’de Bivalentlerin Ekvatoral Tablada Bağımsız Dizilmeleri ve Anafaz I’de Homolog Kromozomların

Kutuplara Bağımsız  Çekilmesiyle Oluşan Rekombinasyon (İnterkromozomal Rekombinasyon)

11.1.2 Virüslerde Rekombinasyon

11.1.2.1 Fajlarda Genler Arası Rekombinasyon ve Faj Genomunun Haritalanması

11.1.2.2 Rekombinasyonun Homolog Bölgeler Arasında Olduğunun Gösterilmesi

11.1.3 Bakterilerde Rekombinasyon

11.1.3.1 Konjugasyon Yoluyla Rekombinasyon

11.1.3.1.1  F-Plasmidi

11.1.3.1.2 Konjugasyonun Oluşması

11.1.3.1.3 Eşleşmenin Kesilmesiyle Gen Haritalarının Çıkartılması

11.1.3.1.4 KonjugasyonsırasındaHfr’den F- Bakterisine DNA Parçasının (gen) Aktarımının Mekanizması

11.1.3.2 Transdüksiyon Yoluyla Rekombinasyon

11.1.3.2.1 Lederberg-Zinder Deneyi

11.1.3.2.2 Transdüksiyon Çeşitleri

11.1.3.3 Transformasyon Yoluyla Rekombinasyon

11.1.3.3.1 Transformasyon Yardımı İle Gen Haritalaması

11.1.3.4 Bakterilerde Rekombinasyon Enzimleri

11.1.3.4.1 rec A proteini

11.1.3.4.2 rec BC nukleazlar

11.2  BAKTERİ HÜCRELERİNDEKİ PLAZMİDLER

11.2.1 F Plazmidi

11.2.2 Direnç plazmidleri

11.2.3 Diğer Plazmidler

11.3  HAREKETLİ GENETİK ELEMANLAR:İnsersiyonlar, Transpozonlar, Mu fajları ve Eukaryotlarda Hareketli Genetik Elemanlar

11.3.1 Bakterilerde Hareketli Genetik Elemanlar

11.3.1.1 İnsersiyon Sıralar (Is-Elementleri)

11.3.1.2 Transpozonlar (Tn elementleri)

11.3.1.2.1 1.ci Sınıf Transpozonlar: Tn5 transpozonu

11.3.1.2.2  2.ci Sınıf Transpozon: Tn3 Transpozonu

11.3.2 Mu Bakteriyofajları

11.3.3 Transpozisyonun Moleküler Mekanizması

11.3.4 Eukaryotlarda Hareketli Genetik Elemanlar

11.3.4.1 Mısırda Hareketli Genetik Elementler

11.3.4.2 Bezelye’de Hareketli Genetik Elementler

11.3.4.3 Drosophila’da Hareketli Genetik Elementler

11.3.4.4 İnsanda Hareketli Genetik Elementler

11.4  VERTEBRATALARDA (Omurgalılarda) TRANSDÜKSİYON, Retrovirüsler ve Onkogenler

11.4.1 Retrovirüsler

11.4.1.1 Virüsün Yapısı ve Çoğalma Yolu

11.4.1.2 Retrovirüsler Vasıtasıyla Gerçekleşen Transdüksiyon ve Kanser Oluşumu

BÖLÜM 12

PROKARYOTLARDA GENİN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU (Gen Anlatımının Düzenlenmesi)

12.1 PROKARYOTLARDAKİ GENLERİN ÇALIŞMASININREGÜLASYONU İLE İLGİLİ GENEL AÇIKLAMALAR

12.2 RİBOZOMAL RNA GENLERİ VE ONLARIN ÇALIŞMASINI REGÜLASYONU

12.2.1 Stringent Regülasyon (Sıkı regülasyon, zor şartlardaki  regülasyon)

12.3 RİBOZOMAL PROTEİN GENLERİNİN YAPISI VE ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU

12.4 E.COLI’DE Lac OPERONUNUN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU

12.4.1 E.coli’deki  lac Operonu İle İlgili Temel Çalışma

12.4.2 Lac Operonu

12.4.2.1 Lac Operonuİçinde Yer Alan Strüktürel GenÜrünleri

12.4.2.2 Değişik Gen Regülasyonlu Mutantlar

12.4.3 Lac Operonun Çalışmasının Regülasyonu

12.4.4  I - Regülatör Geninde ve Lac Operonunda Oluşan Mutasyona Sahip Bakteri Kolonilerinin Basit Yolla Belirlenmesinde Kullanılan İndükatörReaksiyonlar (Renk Reaksiyonları)

12.4.4.1 Neutralkırmızı + KristalViyole Metodu (Mc Conkey agar)

12.4.4.2 X gal (5-Brom-4-chlor-3-indolyl--D-galaktosid) Metodu

12.4.5  Lac Repressörü

12.4.5.1 I geni: Promoter Yapısı ve Transkripsiyon Sıklığı

12.4.5.2  Operatör ile Repressör’ün Karşılıklı Etkileşimi

12.4.6  Katabolit Repressör: Lac Operonunun Pozitif Kontrolü

12.4.7  Kontrol Elementleri Hakkında Özet Bilgiler

12.5 POZİTİF KONTROL: ARABİNOZ OPERONU VE ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ

12.6 TRİPTOFAN OPERONUNUN ORGANİZASYONU VE ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ

12.6.1 Baskılayıcı Sistem  ile Trp-Operonunun Çalışmasının Düzenlenmesi

12.6.2 Attenüasyon (Duraklama)  ile Trp-operonunun Çalışmasının Düzenlenmesi

12.7 HİSTİDİN VE DİĞER AMİNOASİTLERİN SENTEZİ İLE İLGİLİ GENLERİN ÇALIŞMASININ ATENÜASYONLA (DURAKLAMAYLA) DÜZENLENMESİ

12.8 BAKTERİLERDE GENİN ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ HAKKINDA ÖZET AÇIKLAMALAR

BÖLÜM 13

VİRÜSLERDE GENİN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU VE KONAK HÜCREDE YENİ VİRÜSLERİN OLUŞMASI

13.1 LAMDA BAKTERİOFAJININ GENETİK AKTİVİTESİNİN REGÜLASYONU

13.1.1 Lamda Genomu

13.1.1.1 Lamda Genomunda Yer Alan Genlerin Ürünlerinin Görevleri

13.1.2 Faj Genomunun Kontrol Elementleri

13.1.3 Halka  Şeklindeki  Faj  DNA’sı  Üstündeki  Başka  Karakteristik  Noktalar

13.1.4 Erken Transkripsiyon

13.1.5 Litik İnfeksiyon Yolu

13.1.6 Lamda DNA’sının Replikasyonu

13.1.7 Faj Partiküllerinin Morfogenezi

13.1.7.1 Başın Oluşması

13.1.7.2 Kuyruğun oluşması

13.1.8 Litik İnfeksiyon Yolunun Sonu

BÖLÜM 14

EUKARYOTİK GENLERİN YAPISI, GENLERİN EKSPRESYONU VE ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU

14.1 Ribozomal RNA (rRNA) Genleri

14.1.1 rRNA Genlerinin Lokalizasyonu ve Sayısı

14.1.2  Nükleolus

14.1.3 Oositte rDNA’nın Amplifikasyonu

14.1.4  28S-, 18S- ve 5.8S’lik rRNA’ların Transkripsiyonu

14.1.5  5S’lik rDNA

14.1.5.1 5S’lik rDNA’ nın Organizasyonu

14.1.5.2 5 S’lik rRNA Genlerinin Transkripsiyonu ve Çalışmasının Regülasyonu

14.2  PROTEİN KODU TAŞIYAN GENLERİN YAPISI VE EKSPRESYONU

14.2.1 Globulin Genleri

14.2.2  Globulin  mRNA’nın  Sentezi  ve  Yapısı

14.2.3  Globulin Genlerinin Yapısı

14.2.4 Globulin Genlerinin Ekspresyonu

14.2.5 Globulin mRNA’nın IntronlarınınÇıkartılıpEksonlarının Birleştirilmesi,  RNP Partikülleri ve  Olgunlaşması

14.3 EUKARYOTİK CANLILARIN PROTEİN GENLERİNDE TRANSKRİPSİYONUN DÜZENLENMESİ

14.3.1 Transkripsiyonun başlaması ve kuvvetlendirici (Enhansır) DNA sıralarının transkripsiyona etkisi

14.4 PROTEİN GENLERİNİN ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ

14.4.1 DNA Metilasyonu ile Gen Ekspresyonunun Düzenlenmesi

14.4.2 Steroid Hormonları Tarafından Gen Ekspresyonunun Düzenlenmesi (Regülasyonu)

14.4.3 Gen Amplifikasyonu ile Genin Çalışmasının Düzenlenmesi

14.4.4 Farklı İlmek (Splays) Reaksiyonu ile Genin Çalışmasının Düzenlenmesi

14.4.5 TranslasyonAşamasında Gen EkspresyonununDüzenlenmesi

14.4.6 mRNA’nınDüzeltilmesi (Editing) ile GeninÇalışmasının Düzenlenmesi

14.4.7 mRNA’nın Ömrü İle Bağlantılı Genin Çalışmasının Düzenlenmesi

14.4.8 mRNA’nın Şifresinin Okunmasının Düzenlenmesi İle Genin Çalışmasının Regülasyonu

BÖLÜM 15

MOLEKÜLER GENETİK VE TIP

15.1 TALASSEMİ’LER  (THALASSAEMIE’LER)

15.1.1 α - Talassemi’ler

15.1.2  b - Talassemi’ler

15.2 KOLLAJEN GENLERİNİN YAPISI

15.3 İMMÜN SİSTEMİN (Bağışıklık Sisteminin) MOLEKÜLER GENETİĞİ

15.3.1 İmmünHücrelerin Farklılaşmasıİçin Temel Olan Genom Reorganizasyonu

15.3.2 Antijen Tarafından Hücre Klonlarının Seçilerek Uyarılması

15.3.3 İmmünglobulinlerin Yapısı

15.3.4 İki Gen Bir Protein

15.3.5 Ayrı Olan DNA Parçalarının Kombinasyonu Sayesinde Aktif Immünglobulin Genlerinin Meydana Gelmesi ve Antikorların Çeşitliliğinin Genetik Temeli

15.3.5.1 L Zincirinin (hafif zincirin) Genleri

15.3.5.2 H Zincirinin (ağır zincirin) Genleri

15.3.6 Gen Birleşmesinin Muhtemel Mekanizması  ve V-Gen (değişken gen) Elementleri Civarındaki DNA Yapıları

15.3.7 Farklı İlmek Olayı: İstirahat Halindeki B-Lenfositlerinde H-Zincirlerinin Meydana Gelmesi

15.3.8 Aktive Edilmiş B-Lenfositlerinde Genetik Programın Değişmesi

BÖLÜM 16

EUKARYOTLARDA EKSTRAKROMOZOMAL DNA’lar

16.1  MİTOKONDRİLERİN GENOMU

16.1.1 MtDNA’nın Genetik Organizasyonu ve Gen Haritası

16.1.2 Kinetoplast DNA’sı

16.1.3 Mitokondri Genomu İle Nukleus Genomu Arasındaki İlişki

16.1.4 Mt DNA’nın Replikasyonu

16.1.5 Mt DNA’sının Transkripsiyonu

16.1.6 Mitokondride Genetik Kod

16.1.7 Mitokondrial DNA’ların Yapısal ve Büyüklük Farkları

16.2 KLOROPLAST DNA’SI (ctDNA veya Plastid DNA’sı=ptDNA)

16.3 BAKTERİ, MİTOKONDRİ, KLOROPLAST ARASINDAKİ GENETİK BENZERLİKLER, FİLOGENETİK İLİŞKİLER VEEUKARYOT HÜCREİLEORGANELLER ARASINDAKİ ENDOSİMBİONT İLİŞKİ

BÖLÜM 17

MOLEKÜLER GENETİK VE GENETİK MÜHENDİSLİĞİ

17.1 REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ

17.1.1 Rekombinant DNA Teknolojisinde Kullanılan Enzimler

17.1.1.1 DNA’yı Sentezleyen Enzimler

17.1.1.2 DNA İpliklerini Birleştiren Enzimler

17.1.1.3 DNA’nın 5’ Ucunu Modifiye Eden Enzimler

17.1.1.4 DNA’yı Parçalayan Enzimler

17.1.2 Gen Klonlanması

17.1.2.1 Gen Taşıyan DNA’nın Elde Edilmesi

17.1.2.2 Genin Yerinin Belirlenmesi

17.1.2.3 Genin DNA Molekülünden Çıkartılması

17.1.2.4 Taşıyıcı  (Vektör)  DNA’nın Elde Edilmesi

17.1.2.5 Gen Taşıyan DNA Parçasının Vektör DNA’sı ile Birleştirilmesi

17.1.2.6 Genomik DNA ile Vektörden Oluşan Rekombinant DNA’nın Alıcı Hücreye Aktarılması

17.1.2.7 İstenilen Geni Taşıyan  E.coli’lerin  Seçimi

17.1.2.8 Son Ürünün Kontrolü

17.1.3 Gen Teknolojisi Yoluyla Başka Hücrelere Aktarılan İnsan GenininÜrünleri

17.1.4 EukaryotikHücre Vektörleri

17.1.4.1 Konakçı Maya Hücresi ve Vektörleri

17.1.4.2 Konakçı Bitki Hücresi ve Vektörü

17.1.4.3 Konakçı Hayvan Hücresi ve Vektörü

17.2 DNA MOLEKÜLÜNÜN BAZ SIRALARININ SAPTANMASI

17.2.1 Maxam-GilbertYöntemi

17.2.2 Sanger’in Dideoksi Metodu

17.3 MOLEKÜLER GENETİK YÖNTEMLERLE CANLILARIN FİLOGENETİK (AKRABALIK) İLİŞKİLERİNİN KURULMASI (MOLEKÜLER FİLOGENEZ)

17.3.1 RFLP (Restriction  Fragment  Length Polymorphism=Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) Yöntemi

17.3.2 RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA = Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) Yöntemi

17.3.3 AFLP (Çoğaltılmış Parça Uzunlukları Polimorfizmi = Amplified Fragment Length  Polymorphism) Yöntemi

17.3.4 SSR (Simple Sequence Repeats = Basit Dizi Tekrarları) Yöntemi

17.3.5 ISSR (Inter Simple Sequence Repeats = Aradaki Basit Dizi Tekrarları) Yöntemi

17.3.6 SRAP (Sequence Related  Amplified Polymorphism = Dizi İle İlişkili Çoğaltılan Polimorfizm) Yöntemi

17.3.7 SNP (Single Nucleotide Polymorphism = Tek Nukleotid Farklılığı) Yöntemi

17.3.8 DNA Baz Sırası Belirleme Yöntemi

17.3.9  Moleküler Markörler (Belirleyiciler, İşaretler) İleGenetik Karakterizasyon ve Soyağaçlarının Elde Edilmesi

Kaynaklar

EK 1: Genetiği Değiştirilmiş Organizma (GDO)

Elde Edilmesi Sırasında Organizmaya Aktarılan Gen, Genin Kökeni ve Fonksiyonu

EK 1’İN Kaynakları

İndeks