Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji

Moleküler Mikrobiyoloji Tanı ve Epidemiyoloji

DNA’nin in vitro koşullarda çoğaltılmasına olanak sağlayan polimeraz zincir reaksiyon [polymerase chain reaction (PCR)] yönteminin yaklaşık 30 yıl önce keşfedilmesi, bilim insanlarının hayatında heyecan yaratan farklı uygulamaların başlatılmasına aracı olmuştur. PCR uygulamaları, başlangıçtaki tek bir genin saptanmasına dayalı, tanı amaçlı kullanımlarından, çoklu enfeksiyon etkenlerinin tanımlanması, antimikrobiyal ilaç direncinin belirlenmesi, etkenin virülans özelliklerinin araştırılması gibi alanlara evrilmiştir. Moleküler tekniklerdeki hızlı gelişmeler yeni talep ve kullanım alanlarını getirmiş, sadece etkeni göstermek, direnç ve patojenite ile ilgili belirteçleri araştırmak değil, beraberinde etkenin klinik örneklerdeki kantitasyonuna yönelik çalışmaları da öne çıkarmaya başlamıştır. Kantitasyona olanak sağlayan gerçek zamanlı PCR teknolojisi birçok enfeksiyon hastalığında tedavinin planlanması ve takibinin yapılması aşamalarında vazgeçilmez bir araç haline gelmiştir. Zamanla aynı klinik tablodan sorumlu farklı patojenlerin tek bir reaksiyon tüpünde araştırılmasına olanak sağlayan gereksinimler multipleks PCR uygulamalarını gündeme getirmiştir. Bugün için herhangi bir patojenin klinik örneklerde varlığının gösterilmesi, dijital PCR ile ≤ 1 kopya/reaksiyon gibi düşük konsantrasyonlarının dahi belirlenmesi, 1.1 IU/mL -109 IU/mL aralığında güvenle kantitasyon yapılabilmesi, gerektiğinde hepatit C virüsü, insan papilloma virüsü ve hepatit B virüsü örneklerinde olduğu gibi tip ve alt tipe spesifik amplifikasyonların yapılmasına olanak tanıyan PCR uygulamaları pratikte yerini almış durumdadır.

Bu kitabın içeriğini oluşturan diğer bir konu olan moleküler epidemiyoloji, 21. yüzyılın en heyecan verici konularından biridir. Moleküler epidemiyoloji terimi 1970'lerde ve 1980'lerin başında üç ayrı alanda kullanıma girmiştir; Kanser epidemiyolojisi, çevre epidemiyoloji ve bulaşıcı hastalıkların epidemiyolojisi. Okuyucu profili gözetilerek kitabın içeriğinde ağırlıklı olarak moleküler yöntemlerin enfeksiyon hastalıkları epidemiyolojisindeki kullanımına yer verilmiştir. Moleküler epidemiyolojide kullanılan yöntemler ile bu yöntemlerin enfeksiyon etkenlerinin kaynakları, yayılma yolları; spesifik bir konak, hastane, toplum, coğrafi bölge ve küresel dağılımının aydınlatılmasına olan katkıları irdelenmiştir. Bakterilerin tiplendirilmesinde plazmit profil analizinden başlanarak; PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism), PFGE, tekrarlayan gen dizilerini hedef alan analizler ve DNA baz dizileme temelli tiplendirme yöntemleri hakkında bilgiler verilmiştir.

KISIM 1 | MOLEKÜLER MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARLARININ KURULUMU VE YÖNETİMİ

BÖLÜM 1.. Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarının Tasarımı ve Biyogüvenlik

Özgür APPAK

Nuran ESEN

BÖLÜM 2.. Pandemide Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarının Yönetimi

Yusuf YAKUPOĞULLARI

Barış OTLU

BÖLÜM 3.. Moleküler Mikrobiyolojik Tanı İçin Uygun
Örnek Seçimi, Saklanması ve Transferi

Ayşegül ÇOPUR ÇİÇEK

KISIM 2 | Nükleİk ASİT ve PROTEİN TEMELLİ YÖNTEMLER

BÖLÜM 4.. Nükleik Asit İzolasyon Yöntemleri

Fatma Filiz COŞKUN ARI

BÖLÜM 5.. Sentetik Nükleik Asitlerin Tanısal Mikrobiyolojide Kullanımı -
Oligonükleotit Tasarımı

Evren Doruk ENGİN

BÖLÜM 6.. Polimeraz Zincir Reaksiyon Temelli Amplifikasyon Yöntemleri:
Monopleks-, Multipleks-, Nested-, Konsensus-, In Situ- ve
Touchdown-PCR Yöntemlerinin Prensipleri

Zekiye BAKKALOĞLU

İştar DOLAPÇI

BÖLÜM 7.. Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyon Yönteminin Tipleri ve Prensipleri

Oğuz ARI

Rıza DURMAZ

BÖLÜM 8.. Loop Mediated Isothermal Amplification (Lamp)

H. Esra AĞEL

BÖLÜM 9.. Blotlama ve Hibridizasyon Temelli Moleküler Yöntemler: SOUTHERN-, DOT-, WESTERN-BLOTLAMA

Banu BAYRAKTAR

BÖLÜM 10. Dijital Polimeraz Zincir Reaksiyon Yönteminin Prensipleri ve Avantajları

Pınar YURDAKUL MESUTOĞLU

Çağatay ACUNER

BÖLÜM 11. Biyosensörler ve Lateral Akış (LFA) Testlerinin Mikrobiyolojik Tanıda Kullanımı

Mustafa ALTINDİŞ
Aslıhan DEMİRCAN

BÖLÜM 12. Matrix-Assisted Laser Desorption-Time of Flight Mass Spectrometry
(MALDI-TOF MS) Prensibi ve Klinik Mikrobiyolojide Kullanımı

Banu SANCAK

BÖLÜM 13. Geçmişten Günümüze Aşı Teknolojileri

Aykut ÖZDARENDELİ

BÖLÜM 14. MikroRNA’lar: Tespit Yöntemleri ve Kullanım Alanları

Mehmet Sami SERİN

BÖLÜM 15. CRISPR-CAS Sistemi: Tıbbi Mikrobiyolojide Kullanımı

Alpaslan ALP

KISIM 3 | NÜKLEİK ASİT DİZİ ANALİZİ YÖNTEMLERİ

BÖLÜM 16. Dizileme Yöntemlerine Giriş ve Sanger Dizi Analizi

Cengiz ÇAVUŞOĞLU

BÖLÜM 17. Yeni Nesil Analiz Platformlarının Prensipleri

Süleyman YILDIRIM

BÖLÜM 18. Yeni Nesil Dizi Analizi Yöntemlerinin Klinik Mikrobiyolojide Kullanımı

Mert Ahmet KUŞKUCU

BÖLÜM 19. Metagenomik Analizler

Aycan GÜNDOĞDU

BÖLÜM 20. 16S rRNA Geninin Yeni Nesil Dizileme Yöntemleriyle Analizi ve
Mikrobiyolojideki Uygulamaları

Yunus DOĞAN
Bülent BOZDOĞAN

BÖLÜM 21. Yeni Nesil Dizi Analizlerinde Kullanılan Veri Analiz Sistemleri, Biyoinformatik

Özkan Ufuk NALBANTOĞLU

KISIM 4 | Moleküler EPİDEMİYOLOJİ

BÖLÜM 22. Moleküler Epidemiyoloji Neden Gerekli, Yöntemlerdeki Gelişmeler Nelerdir?

Rıza DURMAZ
Ülker ÇUHACI

BÖLÜM 23. Plazmit Temelli Tiplendirme Yöntemleri

Alper TEKELİ

BÖLÜM 24. Ribotiplendirme

Meryem GÜVENİR

BÖLÜM 25. Polimeraz Zincir Reaksiyonu Temelli Tiplendirme Yöntemleri:
AP-PCR, ERIC-PCR, REP-PCR, PCR-RFLP

Ayşegül KARAHASAN

Özgenur DEMİRKOL

BÖLÜM 26. Pulsed Field Jel Elektroforezi

Özgen ESER

BÖLÜM 27. Multilocus Variable-Number Tandem Repeat Analysis (MLVA)
Yönteminin Prensipleri, Metodolojisi ve Kullanım Alanları

Tuba DAL

BÖLÜM 28. Tek Nükleotit Polimorfizm [Single Nucleotide Polymorphisms (SNP)] ve Tek Lokus Tiplendirme Yöntemleri: Prensipleri, Metodoloji ve Kullanım Alanları

Buket BADDAL

BÖLÜM 29. Multilocus Sequence Typing (MLST) Yöntemleri:
Prensipleri, Metodoloji ve Kullanım Alanları

Dilek GÜLDEMİR

KISIM 5 | VİRAL ENFEKSİYONLARDA MOLEKÜLER Yöntemler

BÖLÜM 30. Hepatit B ve D Virüslerinin Tanı, Tedavi ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Barış OTLU
Elif Seren TANRIVERDİ

BÖLÜM 31. Hepatit C Virüsünün Tanı, Tedavi ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Sibel AYDOĞAN

BÖLÜM 32. İnsan İmmün Yetmezlik Virüsü (HIV) Tanı, Tedavi ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Ayşegül PİRİNÇAL
Mehmet Ziya DOYMAZ

BÖLÜM 33. Cytomegalovirus (CMV) ve Transplantasyon İlişkili Diğer Viral Enfeksiyonlarda Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Aylin ERMAN DALOĞLU
Dilek ÇOLAK

BÖLÜM 34. Human Papillomavirus (HPV) Tanı, Tedavi Ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Fügen YARKIN

BÖLÜM 35. Solunum Yolu Virüslerinin Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Gülay KORUKLUOĞLU

BÖLÜM 36. Gastroenterit Etkeni Virüslerin Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Gülendam BOZDAYI

BÖLÜM 37. Aseptik Menenjit Etkeni Virüslerin Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Selma GÖKAHMETOĞLU

BÖLÜM 38. Vektör Kaynaklı Virüslerin Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Ömür Mustafa PARKAN

KISIM 6 | BAKTERİYEL ENFEKSİYONLARDA moleküler yöntemler

BÖLÜM 39. Gram Pozitif Bakterilerin Tanısı, Direnç ve Kontrolünde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

İştar DOLAPÇI

BÖLÜM 40. Gram Negatif Bakterilerin Tanısı, Direnç ve Kontrolünde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Özgen ESER

BÖLÜM 41. Tüberkülozun Tanısı ve Direncin Belirlenmesinde Moleküler
Yöntemlerin Kullanımı

Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

BÖLÜM 42. Tüberküloz Basillerinin Moleküler Tiplendirmesi:
IS6110 RFLP, MIRU-VNTR ve Spoligotiplendirme

Rıza DURMAZ
Ahmet ARSLANTÜRK

BÖLÜM 43. Zoonotik Enfeksiyonların Tanısı ve Kontrolünde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Emel AZAK

Aynur KARADENİZLİ

BÖLÜM 44. Gıda Kaynaklı Enfeksiyonların Tanısı ve Kontrolünde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Mehmet İLKTAÇ
Betigül ÖNGEN

BÖLÜM 45. Sepsis Tanısında Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Hande TOPTAN
Mehmet KÖROĞLU

KISIM 7 |MANTAR VE PARAZİTER ENFEKSİYONLARDA MOLEKÜLER YÖNTEMLER

BÖLÜM 46. Mantar Enfeksiyonlarının Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Elif Ayça ŞAHİN
Ayşe KALKANCI

BÖLÜM 47. Paraziter Enfeksiyonların Tanı ve Epidemiyolojisinde
Moleküler Yöntemlerin Kullanımı

Seray TÖZ
Yusuf ÖZBEL

KISIM 8 |MOLEKÜLER YÖNTEMLERDE STANDARDİZASYON VE KALİTE KONTROL

BÖLÜM 48. Moleküler Yöntemlerde Optimizasyon, Validasyon, Verifikasyon

Ayça Arzu SAYINER

BÖLÜM 49. Moleküler Mikrobiyolojide Kalite Kontrol Programları

Ziya Cibali AÇIKGÖZ